Der Naturschutz stellt ebenfalls eine Grundlage im Bereich der kommunalen Stadtplanung dar. Die Inhalte reichen von Gesetzen und Verordnungen bis zu konkreten Maßnahmenplanungen zur Verbesserung der stadtökologischen Situation.
Der Bereich der Eingriffsregelung ist z. B. ein bedeutendes Handlungsinstrument zur Vermeidung, Minimierung oder Ausgleich für landschafts- und naturschädigende Eingriffe. Auch hierzu gibt es ein umfangreiches Regelwerk und Methoden der Beurteilung.
Wichtig ist, dass schon frühzeitig die Belange des Naturschutzes bei Planungen einfließen, um geplante bauliche Maßnahmen in Natur und Landschaft zu regeln. Instrumente sind z. B. Bundesnaturschutzgesetz, Landschaftsgesetz, Verordnungen zum Natur- und Landschaftsschutz, Landschaftspläne, Biotopverbundplanungen, landschaftspflegerische Begleit- und Fachpläne, Stadtökologische Einzelmaßnahmen, Ausgleichs- und Ersatzflächenplanungen im Zuge der Bauleitplanung.